Barcelona dijo que los exámenes médicos revelaron que Koundé sufrió una lesión en los músculos isquiotibiales izquierdos durante el partido en que Francia venció a Austria 2-0 por la Liga de las Naciones el jueves.
Araújo se lesionó de un tendón en el muslo derecho durante el partido en que Uruguay perdió 1-0 con Irán el viernes.
Barcelona no dijo cuánto tiempo estarán en el banquillo. Los dos han sido titulares habituales del técnico Xavi Hernández.
El equipo de Xavi queda con Éric García, Andreas Christensen y Gerard Piqué como defensores centrales. Koundé, lateral derecho, puede ser sustituido por Héctor Bellerín o el veterano Sergi Roberto.
En las próximas tres semanas, Barcelona tiene dos partidos de la Champions League, ambos contra el Inter de Milán, así como el Clásico ante Real Madrid, el 16 de octubre.
Francia, campeón mundial defensor, juega en la Fase de Grupos en Qatar contra Austria, Dinamarca y Túnez.
Uruguay disputa el Grupo H con Portugal, Ghana y Corea del Sur.